Service im Test: OMERO

Willkommen zur Projektseite zu OMERO!

OMERO ist Ihre Open-Source-Plattform für das professionelle Management und die Analyse von Bilddaten in der Forschung, gehostet an der Goethe-Universität in Frankfurt. Entwickelt für die Anforderungen bildgebender Wissenschaften, ermöglicht OMERO die strukturierte Speicherung, Verwaltung und gemeinsame Nutzung großer Bilddatensätze. Die Plattform unterstützt zahlreiche Dateiformate und erlaubt eine zentrale Organisation Ihrer Daten - inklusive Metadaten, Annotationen und Analyseergebnissen. Durch ihre hohe Flexibilität und Erweiterbarkeit lässt sich OMERO optimal in bestehende Forschungsinfrastrukturen integrieren und fördert die interdisziplinäre Zusammenarbeit in Ihrem Team.

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Einführung von OMERO als föderierten Dienst

OMERO soll, nach aktuellem Stand, für die Standorte GU Frankfurt, JGU Mainz und TU Darmstadt als zentraler Dienst angeboten werden. Dazu wird es 3 Projektphasen geben: Die beiden Test-Phasen Alpha und Beta, außerdem die Produktiv-Phase - nähere Beschreibungen zu den Phasen finden Sie unten.

Zugang und Kosten

Es ist geplant, dass der Zugang über die jeweiligen institutionellen Accounts möglich sein wird. In OMERO werden große Datenmengen anfallen, daher wird es als kostenpflichter Dienst eingeführt. Es werden die Kosten für den Speicher direkt an die Nutzenden weitergegeben. Im Rahmen des Projekts wird die Anforderung an den Speicher ermittelt und somit auch die potentiell entstehenden Kosten, welche in € pro TB pro Jahr abzurechnen sind.

Video-Tutorials

Video-Reihe zu OMERO

Projektphasen

Erprobung des OMERO-Setups mit ausgewählten Nutzergruppen aus den drei RMU-Standorten (GU, JGU, TUDa).

Installation der Open-Source-Software OMERO an der Goethe Universität.
Anbinden eines Speichers für den Testbetrieb.
Anbindung der SSO der genannten Standorte.
Test-Nutzende auswählen und Zugang zu OMERO gewähren.
Weitere technische Anforderungen gemeinsam mit den Nutzenden identifizieren.
Finanzierungskonzept erarbeiten und fertigstellen.
Support-Modell für die genannten Standorte entwickeln.
Dokumentation erster Nutzungsszenarien und Workflows.
Wichtig: Die in der Alpha-Phase erfassten Daten werden nicht in die Beta-Phase übernommen.

Klärung aller organisatorischen, rechtlichen und betrieblichen Rahmenbedingungen.

Feedback aus der Alpha-Phase technisch umsetzen.
Implementierung einer automatischen Speicherabrechnung.
Aufbau einer Support-Struktur für die genannten Standorte.
Erarbeiten und Fertigstellen von Datenschutzmaßnahmen, Datenschutzerklärung, Nutzungsbedingungen, Kooperationsvereinbarungen und weiteren notwendigen Dokumenten.
OMERO-Instanz mit neuer Datenbank bereitstellen.
Gezieltes Onboarding mit ausgewählten Nutzendengruppen.
Beginn des Monitorings der Systemnutzung und Performance.

Dauerhafter Betrieb von OMERO als zentrales Serviceangebot an den RMU-Standorten (GU Frankfurt, JGU Mainz, TU Darmstadt).

Regelmäßiges Onboarding neuer Nutzergruppen aus den RMU-Standorten.
Aktive Bewerbung des Dienstes innerhalb der wissenschaftlichen Community (z.B. über Workshops, Mailinglisten, Schulungen).
Fortlaufender Betrieb und technische Wartung des Systems.
Monitoring und Skalierung der Speicher- und Serverkapazitäten je nach Nutzung.
Koordination zwischen den Standorten zur Weiterentwicklung der Governance-Strukturen und nachhaltigen Finanzierung.
Pflege und Erweiterung der technischen und rechtlichen Dokumentation.
Langfristige strategische Weiterentwicklung des Dienstes im Kontext der RMU.

Weitere Informationen

Grundfunktionen und Bedienung

Wie lade ich Bilder/Datensätze in OMERO hoch?

Um Bilder oder Datensätze in OMERO hochzuladen, benötigen Sie das OMERO.insight: Zum Download. Starten Sie das Programm und tragen Sie die Server-Adresse unserer OMERO-Instanz ein, die Sie vom Support erhalten. Klicken Sie dazu auf das Werkzeug-Symbol, dann auf das blaue Pluszeichen, geben die Adresse ein und bestätigen mit „OK“ und „Apply“. Melden Sie sich anschließend mit Ihrem OMERO-Account an. Danach können Sie Ordner erstellen und über die „Import“-Funktion Bilder oder Datensätze hochladen.

Rechte der Gruppen in OMERO

Diese Einstellung gilt für die gesamte Gruppe/Team.

Privat (rw----)

Alle Daten in dieser Gruppe sind nur für den Besitzer und den Gruppeninhaber sichtbar. Andere Benutzer sehen weder, wer in der Gruppe ist, noch deren Daten. Der Gruppeninhaber kann die Daten ansehen, aber nicht bearbeiten.

Nur Lesen (rwr---)

Benutzer können die Daten anderer Gruppenmitglieder sehen, aber nicht bearbeiten oder kommentieren. Bilder anderer Benutzer können angesehen, aber nicht bewertet oder getaggt werden.

Lesen & Annotieren (rwra--)

Benutzer können die Daten anderer Mitglieder ansehen und annotieren: Bilder taggen, Kommentare hinzufügen und eigene Anzeigeeinstellungen speichern. Namen von Bildern, Projekten, Datensätzen oder Tags anderer Benutzer dürfen nicht verändert werden.

Lesen & Schreiben (rwrw--)

Benutzer können die Daten anderer Mitglieder ansehen, bearbeiten und löschen.